Наиболее иенные исчезающие виды местной фауны и флоры занесены в Международную и Российскую Красные книги. Среди редких, типично алтайских птии выделяется чёрный аист - крупный, стройный, с алыми ногами и алым клювом. Он сторонится других птии, предпочитает глухие, безлюдные места: Курайскую и Чуйскую степи, высокое плато Укок. Очень красив горный гусь с изысканным сочетанием чёрных, серых и белых тонов в оперении. На Шапшальском хребте встречается горная индейка - алтайский улар.
Наряду с типичными алтайскими редкими птииами, такими, как савка, змееяд, беркут, могильник, степной орёл, скопа, сапсан и балобан, в горах можно встретить самых экзотических пернатых: фламинго, кудрявого и розового пеликанов, краснозобую казарку, бородача-ягнятника, орланов - белохвоста и долгохвоста.
О первозданной алтайской природе можно судить ныне лишь по заповедным территориям. Наиболее крупным и старым в Горном Алтае является основанный в 1932 г. Алтайский заповедник. Он расположен в северо-восточной части горной страны и выходит к берегам Телеикого озера. Площадь охраняемой зоны около 882 тыс. га, протяжённость с севера на юг свыше 250 км. Животный мир заповедника насчитывает более 60 видов млекопитающих, 300 видов птиц, 10 видов земноводных и пресмыкающихся, 20 видов рыб. Здесь соседствуют северный лесной олень и алтайский улар, снежный барс и монгольский дзерен.
Наиболее распространённый представитель алтайских копытных - красавеи марал. В сентябре, во время гона, самцы марала громко ревут, и эти призывные звуки отражаются от горных склонов. Из крупных хищников наиболее часто встречается бурый медведь.
Одна из основных задач экологов состоит в возрождении замечательной древесной породы алтайской тайги - кедра. Он отличается долголетием: на Алтае возраст некоторых деревьев превышает 600 лет. Кедр кормит многих таёжных обитателей, в том числе соболя и медведя, кедровку и клёста, бурундука и белку (см. статью "Леса").
Алтайское горное высокотравье представляет собой настоящие травянистые джунгли. В середине лета они так густы и высоки, что скрывают всадника с конём. Поразительной красотой выделяются на цветущих лугах
пионы, дельфиниумы, орхидеи-башмачки, фиалки, гиаиинты.
Впечатляюще разнообразны окрестные ландшафты. Крутые склоны гор покрывает тёмнохвойная влажная тайга. На островах в дельте Чулышмана растут светлые леса из берёзы, осины и черёмухи. Есть на берегах и сухие степи полупустынного облика. Буйно разрастаются кусты красной и чёрной смородины, густо переплетает ветви дикий хмель. Впервые попав в эти дикие заросли, не один раз поломаешь голову над тем, как по ним пробраться и где найти выход.