Полярный выделяется из всех закрытых городов Минобороны более солидным городским стажем. Он стал городом в 1939 г. Однако у Полярного довольно длительная предыстория. В 1723 г. после подписания Петром I указа об организации Кольского китоловного промысла началось освоение Екатерининской гавани, расположенной на западном берегу Кольского залива (в 55 км к северу от города Кола). В 1803 г. она стала главной базой Беломорской китобойной флотилии. В 1899 г. здесь был открыт уездный город Александровск. Отсюда в плавание уходили корабли полярных экспедиций Э. В. Толля, Г. Л. Брусилова, В. А. Русанова, в 1898-1929 гг. базировалась биологическая станция, переведённая с Соловецких островов.
После революции Александровск лишили городского статуса. В 1935 г. здесь обосновалась главная база Северного военно-морского флота, затем построенный около неё посёлок стал городом Полярный. Во время Великой Отечественной войны в Полярном нахбдился командный пункт командующего Северным флотом адмирала А. Г. Головко. Сюда приходили конвои союзников из Великобритании, из Полярного осуществлялись рейды подводных лодок. Сейчас в этом закрытом городе находится крупнейшая военно-морская база Северного флота.